În 1443, Timișoara a fost afectată de un cutremur devastator. Cetatea angevină și Castelul au suferit distrugeri grave. Iancu de Hunedoara și urmașii săi au refăcut orașul.
În timpul războiului din 1514, Gheorghe Doja a încercat prin desecarea unor mlaștini și schimbara cursului Begăi, să cucerească Timișoara, însă nu a reușit.
În 1552, după un asediu îndelungat, otomanii au ocupat cetatea, producând mari distrugeri, în special edificiilor religioase pe care le vor transforma în moschei. Răscoalele antiotomane locale nu au provocat distrugeri de substanță Timișoarei.
În 1716, Eugeniu de Savoia a asediat și a cucerit Timișoara, după 42 de zile, de la începutul luptei (31 august 1716-12 octombrie 1716) producând numeroase distrugeri construcțiilor din cetate. Habsburgii au inițiat amplul proces de recinstrucție a fortificațiilor orașului, după model occidental.
Timișoara s-a confruntat cu numeroase molime, până când s-a reușit asanarea mlaștinilor și curățarea cursului Begăi, fapt care a determinat Timișoara să fie primul oraș din Imperiul Habsburgic unde s-a înființat un spital, în 1737.
Până la finalizarea Canalului Bega în 1732, inundațiile și molimele făceau ravagii în oraș și împrejurimi, de aceea această mare lucrare hidrotehnică a avut un caracter deosebit.
În 1738, 1000 de locuitori, din cei 6000 ai Timișoarei au murit de ciumă, zona ”Palanca Mare” fiind incendiată complet pentru a îndepărta agenții patogeni.
La 1837, a izbucnit o puternică epidemie de ciumă, care a ucis numeroși oameni, practic existența unor cartiere, precum viitorul Cartier Elisabetin fiind redusă la minim.
În 1848-1849, a fost atacată de revoluționarii maghiari și asediată timp de 114 zile, fără a putea fi cucerită. Al doilea război mondial a produs și el distrugeri prin bombardamente executate de către aliații anglo-americani, până în vara anului 1944. Orașul a fost atacat apoi de soldații hitleriști sprijiniți de cei horthyști, în toamna anului 1944, dar Armata Română care eliberase Timișoara a rezistat eroic.
Ocupația militară sovietică a dus la deportarea etnicilor germani (familii întregi cu femei, copii bătrâni) în Bărăgan, dar și în lagărele din URSS. După 28 septembrie 1944, bunurile mobile și imobile aparținând etnicilor germani au fost confiscate de către Armata Roșie.
Cutremurul din 1977 s-a resimți la Timișoara, dar nu au fost pagube însemnate și nici victime. În 1991, însă, Banatul a fost grav afectat de mai multe cutremure. Au murit 2 oameni, 30 au fost răniți, mai multe mii au devenit persoane sinistrate, fiind avariate mii de imobile. În 2005, Banatul a cunoscut cele mai mari inundații din secolul XX.
Revoluția din Decembrie 1989 a izbucnit la Timișoara, acest oraș martir dând un tribut greu de sânge pentru libertate și democrație.
În 17 septembrie 2017, fenomenele meteo extreme au produs importante pagube la Timișoara: 2 morți, mai mulți răniți și multe pagube materiale. Prăbușirea porții de la intrarea în oraș, de pe Calea Lugojului, peste o mașină aflată în trafic a ucis un tânăr de 24 de ani. O femeie a murit, zdrobită de un copac prăbușit în Grădina Zoologică. Autoritățile au deschis o anchetă, în timp ce s-a inițiat de către forurile adminstrative o activitate de evaluare a pagubelor materiale.